В общем, ситуация прояснилась. Скрипт закачки файлов открывает два соединения к серверу: в первом через POST заливается файл, во втором примерно через секунду запрашивается прогресс закачки. При работе напрямую сервер GlassFish корректно отдаёт значение процента закачаного, а вот при работе через nginx возникает проблема: заливаемый файл какое-то время буферизируется на nginx, соответственно, соединение от nginx до GlassFish в это время не устанавливается. В этот момент приходит короткий запрос на прогресс закачки, который nginx моментально пересылает на GlassFish, a тот удивлённо отвечает: "Ничего не знаю, никакой файл на меня не закачивается". В итоге, клиент рвёт соединение.

Вопрос в следующем: как сказать nginx, чтобы он сразу начинал передавать закачиваемый файл на GlassFish? Как я понял из документации, параметр proxy_buffering отключает буферизацию в обратном направлении, от апстрима к клиенту. А мне нужно наоборот, чтобы nginx не буферизовал POST запрос от клиента к апстриму.