Странно, но у меня та же проблема. Через какое то время в кеше нет файлов.
Что интересно, с бекенда они больше не берутся. Ситуации примерно такая:
1)Идем первый раз на nginx, забираем статику с бекенда, ложим в кеш, следующие разы уже берем из кеша.
2)Через какое то время часть статики исчезает с кеша, через еще большее вообще нет ничего в кеше.
3)Идем снова на nginx, но статика НЕ забирается с бекенда(смотрю в логи бекенда), но появляется в кеше.

Возможно файлы перемещаются каким то образом в память, и потом достаются?
Я как раз думал над вариантом чистки кеша, а он как то сам чистится, что странно.