Я таки решил у себя перелопатить 4к файлов, переместить атом . Тестил с qt-faststart и MP4Box , выбор пал на последнее, вдруг кому пригодиться , прилагаю автоматический скрипт , он перемещает атом с конца файла в начало , запускать в папке с mp4 файлами:

на входе в папке *.mp4
на выходе *.

что бы было удобно в миднайт коммандере затем переместить :) Дописать в миднайте *mp4 при перемещении не забудьте .


#######Script made by uakino.net BEGIN###########################
#!/bin/bash

# type in your path to handbrakecli
hbpath=/usr/bin/MP4Box

# key in your file extension for files to process^M
ext=mp4

#key in your target file extension^M
outext=

# do the processing
# this one for all files in folder
for i in $(find $1 -name "*.$ext") ; do

path=`dirname "$i"`
filename=`basename "$i" .$ext`

# now run the encode

$hbpath -inter 500 "$path/$filename.$ext"
mv $path/$filename.$ext $path/$filename.$outtext

done
####### Script made by uakino.net END ###########################