Update.
Директивы действительно нет в конфиге нигде, но nginx пишет в /var/cache/nginx/temp и /var/cache/nginx/proxy. Что видимо являются значениями по-умолчанию. Соответственно время таймаута тоже по-умолчанию (10 мин). Что не согласуется с:
> Со значением по умолчанию (10 минут) проблем быть не должно.

Может быть проблема во взаимодействием с OpenAFS откуда берется весь статичный контент?