Увы, cgi.fix_pathinfo=1 уже стоит в php.ini. И это не меняет дело. Дело в том, что, похоже, директива fastcgi_param автоматически url-енкодирует передаваемые строки в окружение. Например:

set $test $uri;
fastcgi_param TEST $test;

если оригинальный $request_uri содержит пробелы, то они снова енкодируются и становятся уже не %20 а %24%24%20, в результате чего TEST не будет содержать правильный путь.

Андрей