С базой, только повторюсь, что в слоу логах чисто.
И ошибка явно намекает Connection timed out.

День показал что ошибки все же есть, но с 6 утра до текущего времени всего 12, а запросов на запасной пхп ушло почти 400.
Попутный вопрос: если nginx не смог подключиться к 1му апстриму, но смог ко 2му, он напишет в лог upstream timed out ?