>для каждой пары адрес:порт думаю имеет смысел явно в конфиге указать server_name _; и/или listen ip:port default;
А сейчас не так? или имеется в виду написать
listen 2IP:80 default;
server_name domen2.com;
server_name *.domen2.com;

>архив конфига приложением сюда
Какого именно конфига? Того что я написал выше недостаточно? конфиг nginx стандартный вообще. Разные конфиги для разных сайтов.

>для апача надо поставить rpaf
стоит, IP передаются правильные. И насколько я знаю - rpaf передает в апач правильные IP не сервера, а пользователя, пришедшего на сервер, здесь это вообще ни причем.

Проблема совсем в другом, вы наверное не поняли - nginx не учитывает конфиг для конкретного домена а подключает совсем другой. И я не знаю как сделать чтобы он подключал нужный конфиг.