В пакет iproute2 входит утилита "ss", она тоже умеет показывать открытые соединения и их статусы. Дак вот, она показывает тоже самое, следовательно проблема в ядре(?). И ещё, я искал схожую проблему у тех кто отписывался и, по непонятному мне стечению обстоятельств, проблема именно в конфигурации с nginx, хотя в поисковых запросах я не указывал слова nginx. Может эта информация поможет локализовать проблему...