Господа, а вы знаете, я нашёл всё-таки способ обойти подобную проблему без отказа от php в режиме fastcgi.
А суть примерно такова. ПХП скрипт который достаточно долгое время работает, периодически делает записи
вида 'window.report = {'data':1, 'data2':2}' (а-ля JSON, но на самом деле писать в файл можно в принципе что угодно - была бы фантазия) в файл типа script.js (или называйте его как угодно), который может быть доступен по адресу http://your.server.com/script.js. Я делаю опрос не Аяксом, так как при попытке ГЕТа такого файла получаю ошибку 405 Method Not Allowed, а достаточно хитрым(!) образом:
<script>
var intervalID = setInterval( function(){
try {
var script = document.createElement("script");
script.type = "text/javascript";
script.src = "http://your.server.com/script.js";
document.body.appendChild(script);
alert('data: ' + window.report.data);
} catch(e) {;}
}, 1500 );
</script>
Если что не понятно - разъясню подробнее ;)