проблема не в нем. и вот почему:

при такой конфигурации (когда перл скрипты лежат в каталоге второго уровня относительно root) выпонение скриптов происходит успешно, и файлы не скачиваются!
[code]
server {
listen 80;
server_name 10.255.1.19;
location / {
root /var/www/;
index index.html index.php;
}

location ~ .cgi$ {
root /var/www/bin/;
rewrite ^/bin/(.*)\.cgi /$1.cgi break;
include /etc/nginx/fastcgi_params;
fastcgi_pass 127.0.0.1:10001;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /var/www/bin$fastcgi_script_name;
}
[/code]

в моем же случае скрипты лежат глубже, в дополнительном подкаталоге root /var/www/base/bin/;
и вот в этом случае они скачиваются, а не выполняются...