Спасибо!

Патч работает,
passenger_ignore_headers X-Accel-Redirect;
passenger_ignore_headers X-Accel-Limit-Rate;

Limit-Rate игнорируется, но дальше не выдается..
Возможно виноват passenger.

на оба ключа:
passenger_pass_header X-Accel-Redirect;
passenger_pass_header X-Accel-Limit-Rate;
nginx -t падает Segmentation fault, с одним из двух работает нормально.

Через add_header X-Accel-Limit-Rate $upstream_http_x_accel_limit_rate2;, тоже работает, разве что нет passenger_hide_header.