Эти варны возникли при чтении конфига после обновления до nginx с 1.14.2 до 1.16.0 (ОС: FreeBSD 11.2).
Даунгрейд до 1.14.2 убирает сообщения..
Используем сертфикаты Let's Encrypt и клиент acme.sh
Конфиг SSL Stapling:
ssl_stapling on;
ssl_stapling_verify on;
Типичный конфиг домена (коих много):
ssl_certificate /home/acme/.acme.sh/example.com/fullchain.cer;
ssl_certificate_key /home/acme/.acme.sh/example.com/example.com.key;
Внутри fullchain.cer сидят два сертификата, второй из которых всегда одинаков для всех.