Есть идея для выделений в server_name и location использовать специальные
имена %N и @N:

server {
server_name ~^(\w+)\.intrasearch\.(.+)$;
root /usr/local/www/intrasearch-dev/%1;

location ~ ^/~user(/[^/]+)(.+)$ {
alias /homes/@1/public_html@2;


--
Игорь Сысоев
http://sysoev.ru