Максим, спасибо за ответ.

Одной догадкой в поисках проблем меньше.

Позволю себе наглость.
Может вы знаете какие-либо мануалы по оптимизации работы nginx?
Или это делают за отдельную плату уже люди в рамках оутсорсинга?

Проблема у нас возникла скачком и что странно ничего не сервере не производили кроме как добавления проксирования но новых подпапках.

sysctl.conf настроено по манулау оптимизации tcp linux, да и atop не показывает, что какого либо ресурса на уровне железа не хватает.