Правильно ли я понимаю, что как только прописан root ... для сайта, нгинх сначала пытается отдать файл сам? Тогда непонятны несколько моментов.
Если прописан location, там root и proxy_pass, то получаем что-то типа try_files $1 @proxy_pass?
Если root прописан в секции server, то сначала пытаемся отдать файл, и при неуспехе перебираем location?