Necesito configurar en nginx tres dominios que apunten cada uno a su propio subdirectorio:

www.domain1.com ---> /usr/share/nginx/html/wp
www.domain2.com ---> /usr/share/nginx/html/wt
www.domain2.com ---> /usr/share/nginx/html/wiki

Hay tres virtual host files en "sites-available" con sus correspondientes server {} blocks, pero no estoy seguro de como configurar locations que sirvan requests directamente a wp, wt, o wiki. Hasta ahora todas van directamente al html root directory pero no a los subdirectorios.

¿Has probado a realizarlo con rewrite?

¿Puedes adjuntar los ficheros de configuración?