[quote="Богун Дмитрий"]
Может быть дело в том, что после того как nginx полностью принял файл и
сохранил его в СВОЕЙ временной директории он начинает передавать этот
файл в PHP(apache, fastcgi) и чем больше этот файл, тем дольше времени
на это уходит.
[/quote]

С этого места хотелось бы по подробнее... Как это передавать файл в РНР? Сервер сохраняет файл во временную директориюЮ а затем передает управление РНР скрипту, который указан в параметре action в форме отправки, где доступен глобальный массив $_FILES с параметрами закаченного файла. Сервер что, еще куда-то копирует файл? Я пс соответствующимлох представляю этот процесс закачки файла.
И еще хотелось бы спросить, что означают директории:

fastcgi_pass_request_body и client_body_group_access и еще не понятна такая строка:

fastcgi_param REQUEST_BODY_FILE $request_body_file

Что это за переменная такая - $request_body_file, откуда она берется? Именно эта строчка стала частичным решением проблемы. Но проблема в целом осталась. Опишк ее снова.

Загружается файл объемом 400Мб. Процесс загрузки отслеживается встроенным снифером FireFox. Сама закачка тела файла со всеми заголовками осуществляется за 36 секунд. Затем после загрузки браузер еще 6-7 секунд остается в процессе ожидания ответа... Затем еще секунд на 20 виснет напрочь и только после этого отображает результат запроса в снифере, показывая, что общее время запроса составляет 42 секунды.
Во-первых не понятно куда деваются эти 6 секунд, а во-вторых, почему-же, елки-палки, этот гребаный браузер виснет как говно! Что он пытается обработать?