Заменил, и к для теста upstream для RU прописывать не стал, в итоге: no resolver defined to resolve RU.server в логах.
Заметил вот что если ip с которого приходят, попоадает в диапозон адресов в geo.conf например для зоны RU и для этой зоны прописан upstream тогда все нормально. Но если upstream для зоны RU нет то выкидывается ошибка, которую писал выше.
А для меня важно что если upstream не прописан, то клиента выкидывает на default зону

geo $geo {
include /usr/local/nginx/conf/geo.conf;
default DE;
}
и сделал
upstream DE.server {
server server3.com max_fails=2 fail_timeout=15s;

}
upstream cn.server {
server server2.com;
}
.....