Хотя топик и старый, но тема очень пригодилась. Спасибо.
Правда в исходнике маленькая досадная ошибка в 194 строке:

#define COUNTER(x) ngx_stat_##x=(ngx_atomic_t *) (shared + index * CACHE_LINE_SIZE);

а надо

#define COUNTER(x) ngx_stat_##x=(ngx_atomic_t *) (shared + index * CACHE_LINE_SIZE); index++;

иначе всем переменным присваивается адрес первой переменной. все дело в отсутствии index++;