Для виртуальных серверов лучше всего создать отдельную папку, а не создавать в основном конфиге.
Добавь в основной конфиг ngin.conf строку include /usr/local/etc/nginx/vhosts/*.conf; предварительно создав папку vhosts например и потом в этой папке создавай файлы с отдельными сайтами. Я так делаю и не засоряю основной конфиг.