Убрал условие. Заголовок стал передаваться на каждый запрос с кукой. Стало работать...

location ~ \.html {
gzip_static on;
root xxx;

add_header Set-Cookie "__lastip=$remote_addr;Domain=$host;Path=/;Max-Age=31536000";

try_files $uri /index.php$is_args$args;
}