Я все равно понимаю что-то неправильно. В моем понимании, при запросе example.com/project/ сначала должен запуститься location /project, затем провести внутренний редирект на app_dev.php (исходя из index app_dev.php) и к бэкенду, затем выдрать app_dev.php из урла и выдать permanent редирект.
Но это не работает, если в try_files присутствует $uri/