да уж... посмотрела error.log (спасибо за подсказку, что-то я это упустила из виду) ..
по поводу файлов, которые были изменены, но показывали старую версию, то, как и ожидалось, записей в нем никаких нет (ведь ngnix все же отдавал файл... в старой версии, но отдавал...).. а по поводу новых файлов, которые были закинуты на сервер, то ngnix из совершенно не видел...

2014/08/20 15:08:10 [error] 5684#4336: *40265583 CreateFile() "C:\xxx\xxx.js" failed (2: The system cannot find the file specified), client: xxx.xxx.xxx.xxx, server: 127.0.0.1, request: "GET /xxx/xxx.js?ii=2 HTTP/1.1", host: "xxx.xxx.xx"

хм...