Максим, спасибо за ответ!

Действительно, таймер был увеличен ранее специально, правда решали не совсем эту задачу.
На бэкенде обрабатывались продолжительные запросы, соединение держалось открытым, поэтому все таймауты были увеличены. Постепенно с этой проблемой разобрались, перевели долгие процессы в фон, соединение закрываем сразу, но видимо настройку не вернули обратно.

Нагрузка на backend не большая по всем параметрам, да и запросов не так много. Используем для мониторинга munin.

Сейчас не совсем понятно
1) в логах на backend'е нет запросов, которые на frontend'e помечены как 499
Получается, что запрос либо не был отправлен, либо не дошел.

2) после того, как проблема начинается проявлятся, она стабильно воспроизводится до тех пор, пока не перезагрузишь nginx

3) Все запросы между frontend и backend ходят по http
Обнаружили, что если запрашивать ресурс у frontend'a по http и он стабильно не возвращается, то при запросе по https он может вернуться

4) Помимо 499 для части ресурсов возвращался статус 401
Вот тут можно посмотреть дебаг лог
https://www.dropbox.com/s/6xw5frcmrypzk8p/filtered_401_renamed.log
При этом опять нет ничего в логах на backend'e. К слову на backend работает nginx 1.5.13
И опять после перезапуска nginx'а на frontend все отдается как положено.

Тут в логах есть вот такие строки
readv: 1:3560
readv() not ready (11: Resource temporarily unavailable)
Могут ли быть такие ошибки из проблем с соединением между frotned'ом и backend'ом?


Могли бы вы посоветовать, что еще можно проверить?