Максим, спасибо за ответ
Вот код: https://github.com/svagner/ngx_filestats_module/blob/master/ngx_http_filestats_module.c

Я понял, где сделал изначальную глупость - я попытался реализовать каунтеры в пространстве конфига модуля. Для этого подойдет скорее шаред пул, как это и было сделано у ustats модуля. Как вы думаете, мне лучше создать шаред пулы для всех листов (ngx_http_filestats_time2size_t.timeouts && ngx_http_filestats_loc_conf_t.size2time), а потом связать их общей структурой через указатели?
У меня пока плохо вырисовывается в голове каким образом используя ngx_shared_memory_add можно связать все листы и при этом получать доступ к этой памяти из контекста других модулей:(