У меня получилось так:
1. В модуле ngx_epoll_module.c добавил
extern tcp_close_notification (ngx_connection_t *c);
2. В функции ngx_epoll_del_connection() вызываю tcp_close_notification(c);
А функция tcp_close_notification() определена в моем модуле и ей видны все необходимые структуры данных.