У меня получилось так:
1. В модуле ngx_epoll_module.c добавил
extern tcp_close_notification (ngx_connection_t *c);

2. В функции ngx_epoll_del_connection() вызываю tcp_close_notification(c);

А функция tcp_close_notification() определена в моем модуле и ей видны все необходимые структуры данных.