Большое спасибо за подробну информацию
по поводоу алиасов дело не в их количестве и не в 3 строчках конфига. Веб парель попросту не умеет писатьи в nginx и в apach одновременно посему прийдется ручками добавлять.
Прийдется делать допил ispconfig3 дабы она могла работать полноценно вот и сижу думаю как подойти к этому вопросу.
Скорее всего прийдется подключать svn и допиливать взаимодействие с nginx, дабы германцы с легкостью пустили вебстудию в свой svn.
Но это время а главное не сразу появится в стабилной сборке.

проблему с сайтами www.site.ru/lalala.html
решилась отдельными серверами руками , дабы таких сайтов пока толко 5, криво конечно но покаработает как перенесу весь сервер и закрою старый сделаю уже все красиво.
Пока вот так:
Добавлением в Default конфиг непосредственно сервера для данного домена. Почемму то так все работает. Хотя с виду ничегоне поменялось
server {
server_name www.okna-iventus.ru;
access_log /var/log/ispconfig/httpd/$host/access.log;
location / {
index index.php index.html index.htm;
root /var/www/okna-iventus.ru/web/;
proxy_pass http://www.okna-iventus.ru:82;
proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
proxy_set_header Host $host;
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
}


location ~* ^.+\.(htm|html)$ {
root /var/www/okna-iventus.ru/web;
try_files $uri /index.php;
access_log off;
expires 30d;
}