Обычно светятся в Топе эти Команды:
(в скобках замеченные пределы в столбе IO):
pdflush (20-90%)
journald (20-85%)
mysql --basedir=/usr ~ysqld.sock --port=3306 (20-80%)
apache2 -k start (5-30%)
nginx: worker process (2-5%)

Определенного зависшего процесса в iotop не вижу, команды висят там по 1-2 сек потом уступают другим и т.д. в разное время по-разному, если честно не могу связать что вот раз сейчас тормозит nginx то в iotop висит такой то процесс.