Не уверен, точно ли поймал ситуацию, но top во время тормозов выглядит так:

top - 11:22:30 up 198 days, 7:22, 1 user, load average: 7.93, 5.67, 4.16
Tasks: 259 total, 2 running, 257 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
Cpu(s): 15.1%us, 3.6%sy, 0.0%ni, 62.8%id, 18.2%wa, 0.0%hi, 0.2%si, 0.0%st
Mem: 2070152k total, 1956416k used, 113736k free, 144692k buffers
Swap: 4128696k total, 320k used, 4128376k free, 891096k cached