Спасибо, передам ваше предположение сисадмину, поработаю испорченным телефоном (сам я разработчик, который копирует файлы в папку, откуда их берет nginx).

Можно ли предположить, что я неверно копирую файлы (использую robocopy)? Стоит ли попробовать сначала удалять все обновляемые файлы, а затем копировать их новые версии?