>
> Если будет отдавать 403-ю
> ошибку при каждом запросе
> на /stat - то значит запрос
> попадает в локейшн, и
> проблема в пхп!
>
Да, отдает 403.

Полный код:
location ^~ /stat/ {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index st.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /var/www/html$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}

php скрипт в /var/www/html/stat/

Видимо нужно в пхп копать, хотя php -v | -m все ок.