Отвечаю себе сам:

у меня в скриптах везде session_start(); , т.к. авторизация присутствует, посему в том скрипте где подразумевается долгое выполнение, в самом начале скрипта нужно прописать session_write_close();, чтобы он не блокировал сессию, т.к. другие скрипты не смогут ее прочитать пока не выполнится этот, и соответственно будут в ожидании.

надеюсь кому-то очень поможет! Я неделю рыл в инете инфу и случайно набрел на тему сессий) так бы ни в жизни не догадался что дело в них! я думал в количестве одновременных соединений или еще что)

P.S. Кстати, если кто может посоветуйте что подкорректировать в моем конфиге) Спасибо!