прошу прощения что с такой задержкой... ...
Как подружить плеск и nginx - вот есть руководство, правда на англ. :

"HOW-TO configure PLESK with NGinx (proxy reverse)"
http://www.grafxsoftware.com/faq.php/HOW-TO-configure-PLESK-with-NGinx-proxy-reverse/1/1/

>>что теперь ему доступен только внутренний(ие) IP
Да, перебрасывал на внутренний ip (по руководству)
Но спрашивал у хостера своего те сказали, что энгиникс /nginx/ лучше ставить без плеска (к чему лично я не готов). Правда заявили они это в категорической форме ("невозможно"), так что можно ли серьёзно к этому относиться - не знаю.
>>конфиг для апача он генерит автоматически и каждый раз перезаписывает
>> при внесении изменений в конфигурацию (виртуал-хосты)
Не совсем так. Он перезаписывает только свой собственный для каждого виртуал хоста: httpd.include, вы же создаете свой конфиг там же (domain.tld/conf) И называете vhost.conf и vhost_ssl.conf (если необходимо) где прописываете свою конфигурацию, директивы. Но он не работает в случае fcgi (по крайней мере установок для php, про другие директивы не знаю - не проверял) Возникает необходимость в изминении глобальных настроек php.ini для отдельно взятого сайта, что невозможно посредствам vhost'a
Здесь говорят как настроить fcgi в плеске на работу с вашими php.ini (тоже к сожалению на анг.):

"Using custom php.ini for Php in FastCGI mode per-domain"
http://kb.parallels.com/ru/9059