Что-то тут не то)
В моем nginx'e нет директивы fastcgi_script_filename и файла fastcgi.conf. Потому пришлось самому придумать этому созвучный аналог, и вышло следующее:

server {
listen 80;
server_name site.com
a1.site.com;

root /home/www/site.com;
index index.php;

location = / {
include fastcgi_params;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index index.php;
}

location /application/ {
#return 404; пока решил поставить редирект
rewrite ^ / permanent;
}

location / {
root /home/www/site.com;
try_files $uri $uri @php;
}

location @php {
include fastcgi_params;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param QUERY_STRING r=$uri&$args;
}

location = /index.php {
include fastcgi_params;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index index.php;
}
}

Работает вроде так как нужно, благодарю.