Согласно русской доке по fastcgi_param:
Директивы наследуются с предыдущего уровня при условии, что на данном уровне не описаны свои директивы fastcgi_param.
According to English doc:
Directives set in current level clear any previously defined directives for the current level.
Как по мне, совсем другой смысл. По крайней мере мутно переведено.
П.С. Не мог понять, почему не наследуется. Думал фича/баг кода, а это фича/баг доки.