Просто у меня точно такая же ситуация. Впрочем с таким положением вещей сервер пережил пару пиков без каких либо проблем. Проявляется только в огромном количестве различных соединений в различных статусах по netsatat (у меня, например grep SYN_RECV | wc -l показывает семизначные цифры (точно нет ddos и все клиенты быстрые), LISTEN - 5ти значную). Пытаюсь сузить круг подозрений поэтому и спрашиваю версию ядра. У меня:

srv ~ # nginx -V
nginx version: nginx/0.8.53
configure arguments: --prefix=/usr --sbin-path=/usr/sbin/nginx --conf-path=/etc/nginx/nginx.conf --error-log-path=/var/log/nginx/error_log --pid-path=/var/run/nginx.pid --lock-path=/var/lock/nginx.lock --user=nginx --group=nginx --with-cc-opt=-I/usr/include --with-ld-opt=-L/usr/lib --http-log-path=/var/log/nginx/access_log --http-client-body-temp-path=/var/tmp/nginx/client --http-proxy-temp-path=/var/tmp/nginx/proxy --http-fastcgi-temp-path=/var/tmp/nginx/fastcgi --http-scgi-temp-path=/var/tmp/nginx/scgi --http-uwsgi-temp-path=/var/tmp/nginx/uwsgi --with-file-aio --with-aio_module --with-pcre --without-http_uwsgi_module --with-http_flv_module --with-http_geoip_module --with-http_stub_status_module --with-http_realip_module --add-module=/var/tmp/portage/www-servers/nginx-0.8.53/work/ngx_cache_purge-1.2 --without-mail_imap_module --without-mail_pop3_module --without-mail_smtp_module
srv ~ # uname -a
Linux srv1 2.6.36-gentoo-r5 #2 SMP Thu Feb 3 18:49:36 MSK 2011 i686 Intel(R) Xeon(R) CPU 5130 @ 2.00GHz GenuineIntel GNU/Linux
srv1 ~ #