Спасибо за ответ. Я уже понял что был неправ обвиняя nginx, это увидел тоже из лога. Что не так с uwsgi разобратся не смог. yield на return менял.

Пока переехал на gunicorn, там этой проблемы нет. Боюсь что знаний и желания не хватит чтобы разобратся. Тем более что на тестовой системе такого нет, проявляется только на этом трафике, а он "живой"