ИМХО:
логи лучше хранить в одном месте, но структурировано - раздельно, например, по хостам (или серверам? или еще как-то?)
а чтобы их смотреть, лучше всего поставить splunk
поверьте мне, вы получите кучу свободного времени

З.Ы.
впрочем, если вы уже используете готовые анализаторы, то тут, думаю, мой совет неуместен