Спасибо, разобрался. Просто раньше не сталкивался с регулярными выражениями. Почитал, разобрался.
[code]
# Если в URI встречается "/design/", то искать в /usr/share/tomcat6/webapps/
location ~* /design/ {
root /usr/share/tomcat6/webapps/;
}

# Если запрашиваются типы файлов js, css, ico, то искать в /usr/share/tomcat6/webapps/
location ~* \.(js|css|ico) {
root /usr/share/tomcat6/webapps/;
}

# Если в URI встречается "foto=*.тип_файла", то искать в /var/www/
location ~* /foto=*\.(jpg|jpeg|gif) {
root /var/www/;
}

[/code]