>На всякий случай проверяйте, хотя бы по времени запуска процесса, что перезапуск nginx
происходит.
Проверил. Полностью останавливал nginx, заменял sbin/nginx, запускал, проверял время. Все в порядке, запускается именно тот, который нужен.

Всеравно наблюдаю неравномерный рост writing.
http://s44.radikal.ru/i104/1010/b5/a17bbc19f3a9.png